Фонд археологии формировался по нескольким направлениям, которые были продиктованы историей самого Спасо-Андроникова монастыря и работой музея. Основная и наиболее ценная часть коллекции относится к архитектурной археологии, включающей белокаменные фрагменты Спасского собора, поступившие с связи с реставрацией храма в 1956 – 1959 гг. Значительное место занимает подъёмный археологический материал, полученный в результате раскопок и проведения земляных работ на территории Андроникова монастыря. Он отражает следы истории монастырской хозяйственной деятельности и представляет собой фрагменты керамики (печных изразцов, плиток пола, сосудов, медицинской посуды), стекла (аптечные бутыли), металла (колоколов, накладок, утвари, венцов), дерева (лемехи) и прочее. Отдельный раздел фонда археологии – памятные доски, надгробные плиты...
Фонд археологии формировался по нескольким направлениям, которые были продиктованы историей самого Спасо-Андроникова монастыря и работой музея. Основная и наиболее ценная часть коллекции относится к архитектурной археологии, включающей белокаменные фрагменты Спасского собора, поступившие с связи с реставрацией храма в 1956 – 1959 гг. Значительное место занимает подъёмный археологический материал, полученный в результате раскопок и проведения земляных работ на территории Андроникова монастыря. Он отражает следы истории монастырской хозяйственной деятельности и представляет собой фрагменты керамики (печных изразцов, плиток пола, сосудов, медицинской посуды), стекла (аптечные бутыли), металла (колоколов, накладок, утвари, венцов), дерева (лемехи) и прочее. Отдельный раздел фонда археологии – памятные доски, надгробные плиты (чаще фрагменты) и памятники, происходящие из монастырского некрополя, а также привезенные сюда из Георгиевского монастыря Москвы. Как известно, на территории Андроникова монастыря располагалось одно из древнейших кладбищ, где, по преданию, в 1380 году были погребены воины, павшие в битве на Куликовом поле, великий русский иконописец Андрей Рублев. На протяжении веков в обители погребались представители древних дворянских и купеческих фамилий – Загряжские, Головины, Замятины, Салтыковы, Трубецкие, Нарышкины, Строгановы, Волконские, Баратынские, Демидовы, Третьяковы, наконец, многочисленные представители рода Лопухиных. В рамках церковной археологии фонд пополнился предметами и их фрагментами, найденными в церкви Покрова Пресвятой Богородицы в Филях, также во время реставрационных работ, начавшихся в 1955 г. и завершенных в середине 1980-х гг. – крестов, оконниц, голосников, изразцов, керамических и стеклянных предметов времени строительства храма в конце XVIIвека.