В XVI веке Россия стала осознавать себя как наследницу великих империй - Рима и Византии. Вопросам церковного искусства начали придавать государственное значение: принимаются постановления, регламентирующие иконописание. В это время икона приобретает назидательный, поучающий характер. Складываются и становятся популярными сложные дидактические и символико-догматические композиции, иллюстрируются литургические тексты и песнопения.

Икона "Богоматерь Владимирская-Волоколамская", создана в 1572 году в царской иконописной мастерской. Она была вложена ближайшим сподвижником Ивана Грозного Малютой Скуратовым в Иосифо-Волоколамский монастырь после жестокой расправы с опальным митрополитом Филиппом. Из той же мастерской происходят иконы "Иоанн Предтеча Ангел пустыни" (из Махрищского монастыря) и "Иоанн Предтеча оглавный" (из Дмитрова) - образы святого покровителя царя Ивана Грозного.

На рубеже XVI-XVII веков в придворной иконописной мастерской сложился элитарный стиль иконного письма, отличающийся низысканностью письма и гармоничностью образов. В иконах "Рождество Богоматери" и "Что Тя наречем" (на текст богородичного песнопения), происходящих из Мурома, неизвестные московские художники большое внимание придавали красоте линий, изяществу пропорций, богатству и изысканности колорита.

Среди памятников этого времени, происходящих из других художественных центров, примечательна икона "О Тебе радуется" конца XVI в., написанная в Муроме. Ее композиция иллюстрирует один из прославляющих Богородицу гимнов. Художественный язык провинциального мастера отличается архаизмом, простотой и убедительностью.

В 1640-х годах в Москве при Оружейной палате возникла иконописная мастерская, работавшая по заказам царя. Оружейная палата в это время превращается в главный художественный центр России, своеобразную "академию художеств". В ней были сосредоточены лучшие художественные силы страны - множество мастеров различных специальностей, среди которых иконописцы заняли ведущее значение. Ими были созданы произведения, в которых отразились новые художественные искания эпохи.

Годы царствования первых царей из династии Романовых были ознаменованы большим размахом работ по украшению храмов, которые развернулись в Москве, а затем и в других русских городах. Для этого в помощь царским иконописцам вызывались наиболее даровитые художники из провинции, прежде всего Поволжья, переживавшего в XVII веке экономический и культурный подъем. В 1660-х годах был выполнен новый иконостас Спасского собора Евфимиева монастыря в Суздале, над созданием которого совместно трудились художники из Москвы и Поволжья. Иконы суздальского иконостаса украшены серебряными басменными окладами (тонкие серебряные пластинки с тисненым орнаментом набивались на фон и поля икон). Сочетание серебра с яркой, декоративной живописью придает комплексу иконостаса особенную нарядность.

В XVII веке русская художественная культура все более заинтересованно обращалась к опыту Западной Европы, используя его в соответствии с собственными традициями и вкусами. Контакты с западной культурой были самыми разнообразными. Это и использование гравюр западноевропейского происхождения в качестве иконографических образцов, и работа в Москве приезжих художников-иностранцев, и приток в столицу Русского государства мастеров из украинских и белорусских земель, долгие годы находившихся в сфере польского влияния и воспринявших многие формы и идеи западного искусства. Все новации ранее всего проявились в творчестве мастеров Оружейной палаты. В придворной иконописной мастерской зародился и расцвел новый иконописный стиль, так называемое "живоподобие", изменившее традиционный характер иконного образа.

Лики на иконах стали писать с большей точностью в передаче анатомических особенностей человека, выявляя при этом пластику формы. Тем не менее, новую манеру нельзя отождествлять со светотеневой манерой письма, характерной для европейской живописи. Технически "живоподобие" ликов на иконах мастеров Оружейной палаты достигалось при помощи издавна известной системы сложного многослойного письма полупрозрачными слоями охры, постепенно восходящими от темного к светлым тонам. Эти лики лишены конкретности и сохраняют традиционную для иконы идеальность. Отсутствие источника света в иконе рождает впечатление светоносности самих ликов.

Широко используя в качестве образца европейские гравюры, русские мастера обогатили и переработали традиционную иконографию, расширили круг изображаемых сюжетов. Гравюра была для них и источником познаний в области построения композиции, применения прямой перспективы. И все же, несмотря на очевидные новации, произведения, вышедшие из иконописной мастерской Оружейной палаты, не переступают грань, которая отделяет икону от живописи в европейском понимании. Она остается окном не в реальный, а в надреальный мир. В иконописи придворных мастеров был достигнут компромисс старого и нового, благодаря которому она продолжала существовать в рамках традиционной культуры.

Одним из ведущих придворных иконописцев был Федор Зубов. В его подписной иконе "Рождество Богородицы" 1688 года отразилось знакомство мастера с европейской иконографией. Повествование насыщенно многочисленными дополнительными эпизодами, помещенными в компартименты единого фантастического архитектурного сооружения, напоминающего триумфальную арку.

Блистательными мастерами иконописной мастерской Оружейной палаты позднего периода ее существования были Кирилл Иванов Уланов и Тихон Иванов Филатьев. В Музее хранится написанный ими в 1702-1704 годах комплекс икон местного ряда из иконостаса церкви Архангела Михаила в дворцовом селе Броничи (ныне г. Бронницы Московской обл.). Среди них два образа Богородицы новых для России XVII века иконографических типов: "Всех скорбящих Радость" и "Живоносный источник".

В XVII веке с бурным развитием российских городов появляются новые центры иконописания, такие как Ярославль, Кострома, Великий Устюг, которые достигли своего расцвета во второй половине столетия. С костромской художественной традицией связан большой образ "Символ веры", происходящий из Рождественского собора в Балахне. В сложной многофигурной композиции иконы проиллюстрированы главные догматы христианской веры.

Многие из провинциальных иконописцев, на время приглашавшихся на работы в Москву, быстро усваивали новый стиль мастерской Оружейной палаты, которому следовали по возвращении в родной город и обучали своих детей и учеников. К числу таких мастеров принадлежали художники династии Митиных-Потаповых из города Осташкова. Хранящийся в Музее комплекс из двенадцати больших икон, которые некогда находились при столпах собора Иосифо-Волоколамского монастыря, был написан в 1698 году двумя представителями этой семьи - Фомой и Василием Потаповыми.

Ближе к концу XVII века в русской иконописи появляется еще одно направление, которое решительно порывает с традиционным художественным языком. В это время в Оружейной палате наряду с иконописцами работали мастера-живописцы из числа иностранцев, в круг обязанностей которых входило создание декоративных росписей царских покоев и предметов быта, создание портретов и пейзажей для дворцовых помещений. Со временем у иностранных живописцев появились многочисленные русские ученики, которые применили новую для России технику масляной живописи и новые формально-стилистические приемы в иконе. Лучшим русских живописцем конца XVII века был Карп Золотарев. В собрании музея имеется подписная икона Карпа Золотарева "Богоматерь с младенцем на престоле", выделяющаяся нетрадиционностью своего образа и художественного языка. Мастер создал образ, соответствующий меняющимся вкусам и идеалам эпохи. Уже совсем тонкая грань отделяет такие иконы от картин на религиозный сюжет.